Các hoạt động trao đổi mậu dịch tại cửa khẩu này đã phát triển từ thế kỷ trước. Khu kinh tế cửa khẩu Trà Lĩnh đã được thành lập theo Quyết định số 1113/QĐ-TC-UB ngày 01/07/2002 của Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Cao Bằng.

Năm 2010 đây là một trong 5 cửa khẩu địa phương của tỉnh [5].

Cửa khẩu Trà Lĩnh và thị trấn Trà Lĩnh là thành phần trong Khu kinh tế cửa khẩu Cao Bằng được chính thức công bố năm 2014 [6].

Năm 2016 dự án tuyến đường cao tốc Đồng Đăng - Trà Lĩnh có chiều dài 115 km, điểm đầu tại Cửa khẩu Trà Lĩnh và điểm cuối tại thị trấn Đồng Đăng Lạng Sơn được đưa ra bàn thảo. Tuyến đường đi qua các huyện Trùng Khánh, Quảng Hòa, Hòa An, Thạch An tỉnh Cao Bằng, Tràng Định, Văn Lãng, Cao Lộc tỉnh Lạng Sơn. Dự án có dự kiến hợp tác đầu tư của công ty Trung Quốc [7][8].